写论文时，参考文献的引用是一件很麻烦的事，每个杂志要求的文献格式是不一样的，包括在文章中插入的方法和在文章后面排列的格式和顺序等都不同。根据排列顺序，主要分为两种：一是按插入顺序排序，二是按作者的姓名排序。
如果是按作者姓名排序，文章内容如果要改动(包括移动、插入或删除)，对参考文献在最后的排序影响不大，编号也好改。但如果是按插入顺序排序(国内的绝大部分杂志和国外的许多杂志都是这样的)，则文章如有改动，参考文献的增删和重新排序的工作就会变得很烦琐，而且容易出错。有的编辑对这方面的要求很严格，把参考文献的格式作为笔者是否认真的一个重要衡量标准。所以，参考文献是我们写论文时不容忽视的一个环节。有一个很出名的软件Reference manager是专门用来管理参考文献的，它功能很强大，能对文献进行二次检索、管理，与Word结合还可完成论文中参考文献的插入，相信很多高手都用它解决了参考文献的插入问题。但这个软件不是免费的(D版的不算)，而且对于一些不是很高手的人来说，把RM的功能都开发出来也不是件容易的事。我对RM就掌握得不是很好，但我发现其实只要简单地用Word中的插入尾注的功能就能很好地解决按插入顺序排序的论文中参考文献的排序问题。
方法如下(以Word2000为例)：
1.光标移到要插入参考文献的地方，菜单中“插入”——“脚注和尾注”。
2.对话框中选择“尾注”，编号方式选“自动编号”，所在位置建议选“节的结尾”。
3.如“自动编号”后不是阿拉伯数字，选右下角的“选项”，在编号格式中选中阿拉伯数字。
4.确定后在该处就插入了一个上标“1”，而光标自动跳到文章最后，前面就是一个上标“1”，这就是输入第一个参考文献的地方。
5.将文章最后的上标“1”的格式改成正常(记住是改格式，而不是将它删掉重新输入，否则参考文献以后就是移动的位置，这个序号也不会变)，再在它后面输入所插入的参考文献(格式按杂志要求来慢慢输，好像没有什么办法简化)。
6.对着参考文献前面的“1”双击，光标就回到了文章内容中插入参考文献的地方，可以继续写文章了。
7.在下一个要插入参考文献的地方再次按以上方法插入尾注，就会出现一个“2”(Word已经自动为你排序了)，继续输入所要插入的参考文献。
8.所有文献都引用完后，你会发现在第一篇参考文献前面一条短横线(页面视图里才能看到)，如果参考文献跨页了，在跨页的地方还有一条长横线，这些线无法选中，也无法删除。这是尾注的标志，但一般科技论文格式中都不能有这样的线，所以一定要把它们删除。
9.切换到普通视图，菜单中“视图”——“脚注”，这时最下方出现了尾注的编辑栏。
10.在尾注右边的下拉菜单中选择“尾注分隔符”，这时那条短横线出现了，选中它，删除。
11.再在下拉菜单中选择“尾注延续分隔符”，这是那条长横线出现了，选中它，删除。
12.切换回到页面视图，参考文献插入已经完成了。这时，无论文章如何改动，参考文献都会自动地排好序了。如果删除了，后面的参考文献也会自动消失，绝不出错。
13.参考文献越多，这种方法的优势就体现的越大。在写毕业论文的时候，我就是用这个方法分节插入参考文献的.
存在一个小问题：如果同一个参考文献两处被引用，只能在前一个引用的地方插入尾注，不能同时都插入。这样改动文章后，后插入的参考文献的编号不会自动改动。哪位高手有什么办法解决这个问题也来交流一下。
其实也不难
1,单击要插入对注释的引用的位置。
2,单击“插入”菜单中的“交叉引用”命令。
3,在“引用类型”框中，单击“脚注”或“尾注”。
4,在“引用哪一个脚注”或“引用哪一个尾注”框中，单击要引用的注释。
5,单击“引用内容”框中的“脚注编号”或“尾注编号”选项。
6,单击“插入”按钮，然后单击“关闭”按钮。
不过得注意：Word 插入的新编号实际上是对原引用标记的交叉引用。如果添加、删除或移动了注释，Word 将在打印文档或选定交叉引用编号后按 F9 键时更新交叉引用编号。如果不容易只选定交叉引用编号，请连同周围的文字一起选定，然后按 F9 键。
参考文献作为尾注，在字体及与正文的默认距离等方面都有较大差异。现在我已经完全不用这种办法排版参考文献了，而是转用ISI公司出品的EndNote(巧的是，这个软件的名字居然也是“尾注”的意思),Reference Manager等软件了，尤其对参考文献的管理及任意调整格式等操作非常方便。至于数学公式和科技符号较多的文档，我还使用LaTeX排版系统(许多国际期刊都支持这种投稿的)，也颇为方便。
认为EN等工具没有WORD的尾注方便，那是因为还没有真正去尝试过使用EN及RM等工具，或者说没有遇到投很多次稿的经历吧,EndNote，感觉最方便的地方在于这几点：
1) 参考文献库一经建立，以后在不同文章中作引用时，既不需重新录入参考文献，也不需仔细地人工调整参考文献的格式。而且参考文献很多情况下可以直接从网上下载导入至库中，很方便。可谓一劳永逸。这一点是WORD的尾注绝对无法比拟的。
2) 对文章中的引用进行增、删、改以及位置调整都会自动重新排好序。文章中引用处的形式(如数字标号外加中括号的形式，或者是作者名加年代的形式，等等) 以及 文章后面参考文献列表的格式都可自动随意调整。这对修改退稿准备另投它刊时特别有用。
3) EndNote并非对中文完全不支持，只是在显示中文时会成乱码，但其功能不受影响。实际上，真正的不方便之处在于中英文混合引用的时候。这时，由于习惯不同，中英文文献格式会出再混乱。比如，某个文献的多位中文作者排列时出现类似“刘某某,张某某,et al”字样而不是中文习惯里的“刘某某、张某某，等”字样。4) 与WORD的真正协同功能。安装了EN后，自动在WORD中建立了一个新的工具栏，我们在写作时最常用的几项功能都只需简单点击这个工具栏即可。